临床工作中，医生会先从外观上进行诊断，如果是十分典型的菜花状病变增生物，基本上一看就可以做出判断了，并且准确率很高，极少出现误诊。对于个别表现不典型的患者，医生会通过一些检查来辅助诊断。这里面就包括醋酸白试验，将冰醋酸涂在局部的小疙瘩上，如果是尖锐湿疣，遇冰醋酸几分钟后会变白，有助于判断不典型的尖锐湿疣。
除此之外，还可以进行HPV检测，这是一个很好的辅助方法，但这种检查仅作为临床参考，最后结果一定要与临床表现相结合，由专业医生来进行判断。一方面，HPV检测在取材时，用的是无创的方法，拿个小毛刷在疣体上刷一些脱落的细胞下来，很可能脱落的细胞中恰好不含有HPV，所以即便结果是阴性，也不能完全排除尖锐湿疣。另一方面，HPV感染在人群中比较普遍，有些HPV感染患者可能处于无症状携带状态，局部的小疙瘩恰好是其他的皮肤疾病引起的，所以即使HPV检测结果阳性，也不一定就是尖锐湿疣。这个检查仅仅只能作为诊断参考。
其实，无论是在灵敏度方面，还是在特异度方面，HPV检测的准确率还是很高的。当然像刚刚提到的，取材确实会让HPV检测的准确率小打折扣，但通过多次检测，会获得准确率更高的结果。
如果醋酸白试验和HPV检测都不能诊断，就要取病理做皮肤活检，由病理科医在显微镜下查看到底是不是尖锐湿疣。病理活检不仅能判断是不是尖锐湿疣，还能确定病理组织内是否含有HPV，因此，病理活检的准确率非常高，可以说是诊断尖锐湿疣的金标准。
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